Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Greater Swiss Mountain Dog

Updated Feb 25, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

#	Locus Name	Allele	Greater Swiss Mountain Dog (n=86)
1	AHT121	92	0.041
		96	0.070
		100	0.087
		102	0.355
		104	0.006
		108	0.436
		114	0.006
2	AHT137	131	0.023
		135	0.023
		137	0.599
		149	0.029
		151	0.297
		153	0.029
3	AHTH130	117	0.407
		125	0.186
		129	0.326
		131	0.035
		139	0.047
4	AHTh171-A	219	0.279
		225	0.401
		229	0.047
		235	0.273
5	AHTh260	238	0.157
		244	0.052
		246	0.709
		250	0.052
		252	0.006
		254	0.023
6	AHTk211	87	0.547
		89	0.279
		91	0.174
7	AHTk253	286	0.523
		288	0.366
		292	0.110
8	C22.279	116	0.814
		118	0.110
		120	0.076
9	FH2001	132	0.791
		140	0.006
		148	0.192
		152	0.012
10	FH2054	148	0.035
		152	0.820
		156	0.116
		164	0.029
11	FH2848	230	0.122
		232	0.273
		238	0.029
		240	0.564
		242	0.012
12	INRA21	95	0.215
12	INRA21	101	0.785
13	INU005	124	0.134
		126	0.855
		128	0.012
14	INU030	144	0.256
		150	0.535
		156	0.209
15	INU055	210	1.000
16	LEI004	85	0.576
		95	0.326
		97	0.081
		107	0.017
17	REN105L03	233	0.395
		237	0.186
		241	0.419
18	REN162C04	202	0.035
		204	0.012
		206	0.953
19	REN169D01	216	0.872
19	REN169D01	220	0.128
20	REN169O18	164	0.105
		166	0.006
		168	0.686
		170	0.203
21	REN247M23	268	0.593
21	REN247M23	274	0.407
22	REN54P11	222	0.041
		226	0.884
		234	0.076
23	REN64E19	147	0.099
		149	0.773
		153	0.128
24	VGL0760	12	0.087
		13	0.145
		19.2	0.006
		20.2	0.419
		22.2	0.017
		23.2	0.326
25	VGL0910	12	0.035
		16.1	0.006
		17.1	0.023
		18.1	0.721
		19.1	0.023
		20.1	0.163
		21.1	0.029
26	VGL1063	13	0.012
		14	0.767
		15	0.029
		18	0.058
		19	0.099
		20	0.035
27	VGL1165	19	0.488
		20	0.006
		23	0.035
		26	0.029
		27	0.006
		28	0.360
		29	0.076
28	VGL1828	14	0.058
		16	0.017
		18	0.006
		20	0.151
		21	0.448
		22	0.314
		23	0.006
29	VGL2009	9	0.140
		13	0.552
		14	0.279
		15	0.029
30	VGL2409	13	0.012
		15	0.233
		16	0.105
		17	0.163
		18	0.477
		19	0.006
		20	0.006
31	VGL2918	12	0.006
		13	0.436
		14	0.198
		16.3	0.006
		17.3	0.355
32	VGL3008	13	0.064
		14	0.006
		17	0.058
		18	0.140
		19	0.337
		20	0.256
		21	0.140
33	VGL3235	13	0.099
		14	0.733
		15	0.012
		16	0.105
		17	0.006
		18	0.047

Greater Swiss Mountain Dog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	86	4.394	2.205	0.486	0.485	0.006
	SE		0.306	0.135	0.034	0.033	0.017

Greater Swiss Mountain Dog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	86	2.286	1.144	0.133	0.124	-0.065
	SE		0.171	0.018	0.015	0.014	0.007

Greater Swiss Mountain Dog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	86	7	3.029	0.709	0.670	-0.059
2	AHT137	86	6	2.226	0.570	0.551	-0.035
3	AHTH130	86	5	3.230	0.616	0.690	0.107
4	AHTh171-A	86	4	3.168	0.663	0.684	0.032
5	AHTh260	86	6	1.873	0.430	0.466	0.077
6	AHTk211	86	3	2.457	0.605	0.593	-0.020
7	AHTk253	86	3	2.380	0.616	0.580	-0.063
8	C22.279	86	3	1.470	0.360	0.320	-0.128
9	FH2001	86	4	1.510	0.326	0.338	0.036
10	FH2054	86	4	1.454	0.244	0.312	0.218
11	FH2848	86	5	2.447	0.616	0.591	-0.042
12	INRA21	86	2	1.510	0.314	0.338	0.070
13	INU005	86	3	1.336	0.279	0.252	-0.109
14	INU030	86	3	2.529	0.674	0.605	-0.115
15	INU055	86	1	1.000	0.000	0.000	0.000
16	LEI004	86	4	2.251	0.570	0.556	-0.025
17	REN105L03	86	3	2.731	0.698	0.634	-0.101
18	REN162C04	86	3	1.098	0.070	0.090	0.221
19	REN169D01	86	2	1.287	0.186	0.223	0.166
20	REN169O18	86	4	1.912	0.512	0.477	-0.073
21	REN247M23	86	2	1.933	0.512	0.483	-0.060
22	REN54P11	86	3	1.269	0.198	0.212	0.066
23	REN64E19	86	3	1.602	0.407	0.376	-0.083
24	VGL0760	86	6	3.223	0.733	0.690	-0.062
25	VGL0910	86	7	1.820	0.477	0.451	-0.058
26	VGL1063	86	6	1.655	0.407	0.396	-0.029
27	VGL1165	86	7	2.658	0.570	0.624	0.086
28	VGL1828	86	7	3.071	0.605	0.674	0.103
29	VGL2009	86	4	2.480	0.535	0.597	0.104
30	VGL2409	86	7	3.135	0.744	0.681	-0.093
31	VGL2918	86	5	2.816	0.535	0.645	0.171
32	VGL3008	86	7	4.433	0.791	0.774	-0.021
33	VGL3235	86	6	1.787	0.477	0.440	-0.083

Greater Swiss Mountain Dog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	86	3	1.194	0.174	0.163	-0.073
2	DLA I-4ACA	86	2	1.123	0.116	0.110	-0.062
3	DLA I-4BCT	86	2	1.123	0.116	0.110	-0.062
4	DLA1131	86	3	1.194	0.174	0.163	-0.073
5	5ACA	86	2	1.123	0.116	0.110	-0.062
6	5ACT	86	2	1.060	0.058	0.056	-0.030
7	5BCA	86	2	1.189	0.174	0.159	-0.096