Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Greater Swiss Mountain Dog

Updated Nov 22, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

#	Locus Name	Allele	Greater Swiss Mountain Dog (n=68)
1	AHT121	92	0.022
		96	0.066
		100	0.066
		102	0.404
		104	0.007
		108	0.426
		114	0.007
2	AHT137	131	0.029
		135	0.022
		137	0.581
		149	0.037
		151	0.301
		153	0.029
3	AHTH130	117	0.419
		125	0.154
		129	0.368
		131	0.007
		139	0.051
4	AHTh171-A	219	0.235
		225	0.419
		229	0.044
		235	0.301
5	AHTh260	238	0.176
		244	0.066
		246	0.654
		250	0.066
		252	0.007
		254	0.029
6	AHTk211	87	0.551
		89	0.235
		91	0.213
7	AHTk253	286	0.529
		288	0.338
		292	0.132
8	C22.279	116	0.772
		118	0.132
		120	0.096
9	FH2001	132	0.809
		140	0.007
		148	0.169
		152	0.015
10	FH2054	148	0.044
		152	0.853
		156	0.074
		164	0.029
11	FH2848	230	0.140
		232	0.257
		238	0.022
		240	0.581
12	INRA21	95	0.176
12	INRA21	101	0.824
13	INU005	124	0.154
		126	0.831
		128	0.015
14	INU030	144	0.250
		150	0.529
		156	0.221
15	INU055	210	1.000
16	LEI004	85	0.596
		95	0.294
		97	0.088
		107	0.022
17	REN105L03	233	0.368
		237	0.206
		241	0.426
18	REN162C04	202	0.022
		204	0.015
		206	0.963
19	REN169D01	216	0.846
19	REN169D01	220	0.154
20	REN169O18	164	0.088
		166	0.007
		168	0.735
		170	0.169
21	REN247M23	268	0.625
21	REN247M23	274	0.375
22	REN54P11	222	0.022
		226	0.919
		234	0.059
23	REN64E19	147	0.081
		149	0.779
		153	0.140
24	VGL0760	12	0.096
		13	0.132
		19.2	0.007
		20.2	0.390
		22.2	0.007
		23.2	0.368
25	VGL0910	12	0.007
		16.1	0.007
		17.1	0.015
		18.1	0.757
		19.1	0.029
		20.1	0.154
		21.1	0.029
26	VGL1063	13	0.015
		14	0.772
		15	0.037
		18	0.066
		19	0.088
		20	0.022
27	VGL1165	19	0.434
		20	0.007
		23	0.037
		26	0.029
		27	0.007
		28	0.397
		29	0.088
28	VGL1828	14	0.044
		16	0.015
		18	0.007
		20	0.140
		21	0.434
		22	0.353
		23	0.007
29	VGL2009	9	0.154
		13	0.507
		14	0.309
		15	0.029
30	VGL2409	13	0.015
		15	0.235
		16	0.096
		17	0.140
		18	0.500
		19	0.007
		20	0.007
31	VGL2918	12	0.007
		13	0.441
		14	0.221
		16.3	0.007
		17.3	0.324
32	VGL3008	13	0.059
		17	0.066
		18	0.176
		19	0.375
		20	0.235
		21	0.088
33	VGL3235	13	0.118
		14	0.765
		15	0.015
		16	0.051
		18	0.051

Greater Swiss Mountain Dog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	68	4.303	2.174	0.482	0.479	0.003
	SE		0.295	0.129	0.034	0.033	0.022

Greater Swiss Mountain Dog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	68	2.286	1.145	0.134	0.125	-0.071
	SE		0.171	0.020	0.019	0.017	0.010

Greater Swiss Mountain Dog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	68	7	2.819	0.691	0.645	-0.071
2	AHT137	68	6	2.315	0.559	0.568	0.016
3	AHTH130	68	5	2.964	0.574	0.663	0.134
4	AHTh171-A	68	4	3.088	0.691	0.676	-0.022
5	AHTh260	68	6	2.132	0.500	0.531	0.058
6	AHTk211	68	3	2.469	0.632	0.595	-0.063
7	AHTk253	68	3	2.426	0.588	0.588	-0.001
8	C22.279	68	3	1.606	0.441	0.377	-0.169
9	FH2001	68	4	1.464	0.265	0.317	0.165
10	FH2054	68	4	1.359	0.235	0.264	0.110
11	FH2848	68	4	2.360	0.618	0.576	-0.072
12	INRA21	68	2	1.410	0.324	0.291	-0.113
13	INU005	68	3	1.400	0.324	0.286	-0.133
14	INU030	68	3	2.555	0.647	0.609	-0.063
15	INU055	68	1	1.000	0.000	0.000	0.000
16	LEI004	68	4	2.225	0.544	0.550	0.012
17	REN105L03	68	3	2.782	0.706	0.641	-0.102
18	REN162C04	68	3	1.077	0.044	0.071	0.383
19	REN169D01	68	2	1.353	0.221	0.261	0.155
20	REN169O18	68	4	1.733	0.485	0.423	-0.148
21	REN247M23	68	2	1.882	0.515	0.469	-0.098
22	REN54P11	68	3	1.178	0.132	0.151	0.125
23	REN64E19	68	3	1.578	0.412	0.366	-0.124
24	VGL0760	68	6	3.187	0.750	0.686	-0.093
25	VGL0910	68	7	1.668	0.441	0.401	-0.102
26	VGL1063	68	6	1.639	0.382	0.390	0.019
27	VGL1165	68	7	2.809	0.603	0.644	0.064
28	VGL1828	68	7	2.989	0.618	0.665	0.072
29	VGL2009	68	4	2.649	0.588	0.623	0.055
30	VGL2409	68	7	2.991	0.721	0.666	-0.083
31	VGL2918	68	5	2.873	0.456	0.652	0.301
32	VGL3008	68	6	4.119	0.750	0.757	0.010
33	VGL3235	68	5	1.655	0.441	0.396	-0.114

Greater Swiss Mountain Dog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	68	3	1.176	0.162	0.150	-0.080
2	DLA I-4ACA	68	2	1.158	0.147	0.136	-0.079
3	DLA I-4BCT	68	2	1.158	0.147	0.136	-0.079
4	DLA1131	68	3	1.176	0.162	0.150	-0.080
5	5ACA	68	2	1.158	0.147	0.136	-0.079
6	5ACT	68	2	1.015	0.015	0.015	-0.007
7	5BCA	68	2	1.175	0.162	0.149	-0.088