Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Greater Swiss Mountain Dog

Updated Jan 8, 2025

DLA Class I Haplotype Frequencies

#	Locus Name	Allele	Greater Swiss Mountain Dog (n=78)
1	AHT121	92	0.032
		96	0.077
		100	0.090
		102	0.359
		104	0.006
		108	0.429
		114	0.006
2	AHT137	131	0.026
		135	0.019
		137	0.603
		149	0.032
		151	0.295
		153	0.026
3	AHTH130	117	0.423
		125	0.173
		129	0.333
		131	0.026
		139	0.045
4	AHTh171-A	219	0.269
		225	0.410
		229	0.051
		235	0.269
5	AHTh260	238	0.167
		244	0.058
		246	0.686
		250	0.058
		252	0.006
		254	0.026
6	AHTk211	87	0.545
		89	0.269
		91	0.186
7	AHTk253	286	0.519
		288	0.359
		292	0.122
8	C22.279	116	0.795
		118	0.122
		120	0.083
9	FH2001	132	0.801
		140	0.006
		148	0.179
		152	0.013
10	FH2054	148	0.038
		152	0.814
		156	0.122
		164	0.026
11	FH2848	230	0.122
		232	0.276
		238	0.032
		240	0.571
12	INRA21	95	0.205
12	INRA21	101	0.795
13	INU005	124	0.141
		126	0.846
		128	0.013
14	INU030	144	0.250
		150	0.538
		156	0.212
15	INU055	210	1.000
16	LEI004	85	0.571
		95	0.321
		97	0.090
		107	0.019
17	REN105L03	233	0.391
		237	0.186
		241	0.423
18	REN162C04	202	0.026
		204	0.013
		206	0.962
19	REN169D01	216	0.859
19	REN169D01	220	0.141
20	REN169O18	164	0.090
		166	0.006
		168	0.705
		170	0.199
21	REN247M23	268	0.603
21	REN247M23	274	0.397
22	REN54P11	222	0.038
		226	0.891
		234	0.071
23	REN64E19	147	0.077
		149	0.795
		153	0.128
24	VGL0760	12	0.083
		13	0.147
		19.2	0.006
		20.2	0.410
		22.2	0.013
		23.2	0.340
25	VGL0910	12	0.038
		16.1	0.006
		17.1	0.026
		18.1	0.705
		19.1	0.026
		20.1	0.173
		21.1	0.026
26	VGL1063	13	0.013
		14	0.756
		15	0.032
		18	0.064
		19	0.103
		20	0.032
27	VGL1165	19	0.468
		20	0.006
		23	0.032
		26	0.032
		27	0.006
		28	0.372
		29	0.083
28	VGL1828	14	0.058
		16	0.013
		18	0.006
		20	0.141
		21	0.462
		22	0.314
		23	0.006
29	VGL2009	9	0.147
		13	0.538
		14	0.282
		15	0.032
30	VGL2409	13	0.013
		15	0.218
		16	0.115
		17	0.167
		18	0.474
		19	0.006
		20	0.006
31	VGL2918	12	0.006
		13	0.449
		14	0.199
		16.3	0.006
		17.3	0.340
32	VGL3008	13	0.058
		14	0.006
		17	0.058
		18	0.154
		19	0.359
		20	0.244
		21	0.122
33	VGL3235	13	0.103
		14	0.744
		15	0.013
		16	0.096
		18	0.045

Greater Swiss Mountain Dog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	78	4.333	2.201	0.482	0.485	0.016
	SE		0.302	0.132	0.034	0.033	0.019

Greater Swiss Mountain Dog

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	78	2.286	1.142	0.132	0.123	-0.066
	SE		0.171	0.018	0.016	0.014	0.008

Greater Swiss Mountain Dog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	78	7	3.045	0.705	0.672	-0.050
2	AHT137	78	6	2.209	0.551	0.547	-0.007
3	AHTH130	78	5	3.099	0.590	0.677	0.129
4	AHTh171-A	78	4	3.165	0.667	0.684	0.025
5	AHTh260	78	6	1.978	0.462	0.494	0.066
6	AHTk211	78	3	2.476	0.628	0.596	-0.054
7	AHTk253	78	3	2.420	0.615	0.587	-0.049
8	C22.279	78	3	1.530	0.397	0.346	-0.147
9	FH2001	78	4	1.483	0.295	0.326	0.094
10	FH2054	78	4	1.471	0.244	0.320	0.239
11	FH2848	78	4	2.396	0.603	0.583	-0.034
12	INRA21	78	2	1.484	0.308	0.326	0.056
13	INU005	78	3	1.359	0.295	0.264	-0.117
14	INU030	78	3	2.518	0.654	0.603	-0.085
15	INU055	78	1	1.000	0.000	0.000	0.000
16	LEI004	78	4	2.290	0.551	0.563	0.021
17	REN105L03	78	3	2.729	0.679	0.634	-0.073
18	REN162C04	78	3	1.081	0.051	0.075	0.313
19	REN169D01	78	2	1.320	0.205	0.242	0.153
20	REN169O18	78	4	1.836	0.487	0.455	-0.070
21	REN247M23	78	2	1.919	0.487	0.479	-0.017
22	REN54P11	78	3	1.249	0.179	0.200	0.101
23	REN64E19	78	3	1.529	0.385	0.346	-0.112
24	VGL0760	78	6	3.199	0.731	0.687	-0.063
25	VGL0910	78	7	1.884	0.500	0.469	-0.065
26	VGL1063	78	6	1.698	0.423	0.411	-0.029
27	VGL1165	78	7	2.730	0.590	0.634	0.069
28	VGL1828	78	7	2.984	0.603	0.665	0.094
29	VGL2009	78	4	2.549	0.551	0.608	0.093
30	VGL2409	78	7	3.186	0.744	0.686	-0.084
31	VGL2918	78	5	2.806	0.500	0.644	0.223
32	VGL3008	78	7	4.285	0.769	0.767	-0.003
33	VGL3235	78	5	1.740	0.462	0.425	-0.086

Greater Swiss Mountain Dog

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	78	3	1.184	0.167	0.155	-0.074
2	DLA I-4ACA	78	2	1.136	0.128	0.120	-0.068
3	DLA I-4BCT	78	2	1.136	0.128	0.120	-0.068
4	DLA1131	78	3	1.184	0.167	0.155	-0.074
5	5ACA	78	2	1.136	0.128	0.120	-0.068
6	5ACT	78	2	1.039	0.038	0.038	-0.020
7	5BCA	78	2	1.180	0.167	0.153	-0.091