Statistics and Breed-wide Allele Frequency - Chinook

Updated Nov 20, 2024

DLA Class I Haplotype Frequencies

#	Locus Name	Allele	Chinook (n=36)
1	AHT121	100	0.04
		102	0.26
		104	0.08
		108	0.61
2	AHT137	131	0.44
		137	0.33
		141	0.11
		145	0.11
3	AHTH130	115	0.01
		121	0.72
		123	0.07
		127	0.10
		129	0.10
4	AHTh171-A	219	0.18
		221	0.65
		223	0.03
		227	0.14
5	AHTh260	238	0.11
		244	0.82
		246	0.07
6	AHTk211	87	0.21
		89	0.33
		91	0.42
		97	0.04
7	AHTk253	288	0.42
		290	0.04
		292	0.54
8	C22.279	116	0.18
		118	0.14
		124	0.68
9	FH2001	136	0.01
		148	0.68
		156	0.31
10	FH2054	152	0.21
		156	0.14
		168	0.65
11	FH2848	238	0.31
		240	0.21
		242	0.31
		244	0.18
12	INRA21	95	0.28
		97	0.47
		99	0.06
		101	0.19
13	INU005	124	0.42
13	INU005	126	0.58
14	INU030	144	0.07
14	INU030	150	0.93
15	INU055	210	0.79
		216	0.06
		220	0.15
16	LEI004	85	0.47
		95	0.49
		97	0.01
		107	0.03
17	REN105L03	231	0.01
		233	0.01
		235	0.79
		241	0.18
18	REN162C04	200	0.79
		202	0.01
		208	0.19
19	REN169D01	212	0.15
19	REN169D01	220	0.85
20	REN169O18	162	0.07
		168	0.85
		170	0.08
21	REN247M23	268	0.90
		270	0.01
		272	0.07
		278	0.01
22	REN54P11	222	0.03
		234	0.06
		236	0.92
23	REN64E19	145	0.72
		147	0.08
		149	0.19
24	VGL0760	12	0.54
		13	0.11
		20.2	0.01
		21.2	0.32
		22.2	0.01
25	VGL0910	13	0.81
		18.1	0.06
		20.1	0.14
26	VGL1063	11	0.17
		12	0.04
		13	0.42
		14	0.14
		18	0.22
		19	0.01
27	VGL1165	16	0.21
		19	0.10
		20	0.01
		22	0.43
		25	0.01
		28	0.22
		29	0.01
28	VGL1828	16	0.11
		19	0.51
		20	0.36
		21	0.01
29	VGL2009	9	0.19
		11	0.13
		14	0.03
		15	0.65
30	VGL2409	15	0.11
		16	0.10
		17	0.79
31	VGL2918	13	0.07
		14	0.26
		17.3	0.07
		19.3	0.54
		21.3	0.06
32	VGL3008	10	0.15
		13	0.13
		15	0.07
		16	0.19
		17	0.28
		18	0.18
33	VGL3235	14	0.60
		15	0.13
		16	0.18
		17	0.10

Chinook

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	36	3.758	2.195	0.491	0.481	-0.015
	SE		0.197	0.154	0.033	0.030	0.020

Chinook

		N	Na	Ne	Ho	He	F
	Mean	36	4.286	2.959	0.607	0.637	0.049
	SE		0.389	0.292	0.042	0.037	0.022

Chinook

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	AHT121	36	4	2.213	0.611	0.548	-0.115
2	AHT137	36	4	3.000	0.639	0.667	0.042
3	AHTH130	36	5	1.833	0.472	0.454	-0.039
4	AHTh171-A	36	4	2.089	0.500	0.521	0.041
5	AHTh260	36	3	1.452	0.361	0.311	-0.160
6	AHTk211	36	4	3.032	0.583	0.670	0.130
7	AHTk253	36	3	2.133	0.583	0.531	-0.098
8	C22.279	36	3	1.942	0.556	0.485	-0.146
9	FH2001	36	3	1.796	0.417	0.443	0.060
10	FH2054	36	3	2.046	0.583	0.511	-0.141
11	FH2848	36	4	3.806	0.722	0.737	0.020
12	INRA21	36	4	2.932	0.667	0.659	-0.012
13	INU005	36	2	1.946	0.444	0.486	0.086
14	INU030	36	2	1.148	0.139	0.129	-0.075
15	INU055	36	3	1.531	0.333	0.347	0.039
16	LEI004	36	4	2.173	0.556	0.540	-0.029
17	REN105L03	36	4	1.516	0.361	0.340	-0.061
18	REN162C04	36	3	1.504	0.306	0.335	0.089
19	REN169D01	36	2	1.349	0.306	0.259	-0.180
20	REN169O18	36	3	1.371	0.194	0.270	0.281
21	REN247M23	36	4	1.219	0.167	0.180	0.073
22	REN54P11	36	3	1.185	0.139	0.156	0.109
23	REN64E19	36	3	1.766	0.500	0.434	-0.153
24	VGL0760	36	5	2.450	0.500	0.592	0.155
25	VGL0910	36	3	1.490	0.278	0.329	0.155
26	VGL1063	36	6	3.677	0.806	0.728	-0.107
27	VGL1165	36	7	3.470	0.750	0.712	-0.054
28	VGL1828	36	4	2.457	0.639	0.593	-0.077
29	VGL2009	36	4	2.082	0.444	0.520	0.145
30	VGL2409	36	3	1.542	0.389	0.351	-0.106
31	VGL2918	36	5	2.661	0.722	0.624	-0.157
32	VGL3008	36	6	5.226	0.833	0.809	-0.031
33	VGL3235	36	4	2.413	0.694	0.586	-0.186

Chinook

#	Locus	N	Na	Ne	Ho	He	F
1	DLA I-3CCA	36	5	3.698	0.722	0.730	0.010
2	DLA I-4ACA	36	4	2.288	0.528	0.563	0.062
3	DLA I-4BCT	36	4	2.731	0.556	0.634	0.124
4	DLA1131	36	6	3.719	0.722	0.731	0.012
5	5ACA	36	3	2.398	0.500	0.583	0.142
6	5ACT	36	5	3.994	0.750	0.750	-0.001
7	5BCA	36	3	1.885	0.472	0.470	-0.006